在免疫耐受期，虽然乙肝病毒携带数量高，但是机体自身免疫系统对乙肝病毒没有什么反应，而乙肝病毒自身对肝细胞的损害时非常轻微的，几乎不干扰肝细胞的代谢；所以在免疫耐受期抗病毒没有任何意义。

         在免疫活动期，机体免疫系统对乙肝病毒开始产生清除，“城门失火、殃及池鱼”，肝细胞不可避免的遭受损伤，出现转氨酶升高。而且这种清除有时是十分漫长的，反复的肝脏炎症就会导致肝纤维化。这时控制乙肝病毒复制，增强机体免疫系统清除乙肝病毒的能力就非常有意义。核苷类似物抑制病毒复制能力强，但是对机体免疫系统调控能力弱；相对于核苷类似物，干扰素控制乙肝病毒复制疗效差一点，不过能有效增强机体免疫系统清除乙肝病毒的能力。所以对免疫系统良好的年轻人，我们常先选用干扰素抗病毒治疗，争取添砖加瓦，助患者免疫系统一臂之力，能够“一次翻身”，大三阳转为小三阳。不过只有30-40%的青年患者能够在干扰素帮助下取得理想效果，这是因为部分青年患者虽有了一定程度的免疫清除力、但不充分，仍有程度不同的免疫耐受性。

        对于中老年患者，携带病毒数十年，也未能通过自身免疫系统清除乙肝病毒，干扰素也无法“力挽狂澜”，故临床医生多选择安全有效的核苷类似物治疗。