大多数乙肝携带者是在小儿时期感染的，一般小儿的血清病毒水平都很高，但大家在小儿时期都不知道自己感染了。乙肝病毒引起肝细胞的慢性感染，肝细胞长期分泌乙肝病毒，使肝脏的绝大多数肝细胞被感染。而肝细胞是长寿命的，病毒在漫长的岁月中不消失，几乎与肝细胞共存亡，所以病毒携带的时期是漫长的。

        病毒主要在肝细胞中复制，但不太妨碍细胞的新陈代谢，并不直接引起细胞病变。慢性乙肝病毒携带者体内的乙肝病毒与免疫系统似乎“和平共处”：病毒不引起肝细胞的炎症破坏，极大多数携带者能保持健康；免疫系统也容忍病毒在肝细胞内复制。如果不“和平共处”了，免疫攻击肝细胞内的病毒，就会引起肝细胞的损伤。这就可以理解：为什么E抗原阳性（即所谓“大三阳”）的携带者都有不同程度的免疫耐受性，能压制对乙肝病毒的免疫攻击，既不清除病毒，也不引发肝细胞病变，血清病毒水平很高却没有肝炎。